四川试，母忧归，服阕，起故官。

上留意文学，尝从容问大学士李霨：“今世博学善诗文者孰最？”霨以士祯对。复问冯溥、陈廷敬、张英，皆如霨言。召士祯入对懋勤殿，赋诗称旨。改翰林院侍讲，迁侍读，入直南书房。汉臣自部曹改词臣，自士祯始。上徵其诗，录上三百篇，曰御览集。

寻迁国子监祭酒，整条教，屏餽遗，奖拔皆知名士。与司业刘芳喆疏言：“汉、唐以来，以太牢祀孔子，加王号，尊以八佾、十二笾豆。至明嘉靖间，用张璁议，改为中祀，失尊崇之意。礼：祭从生者。天子祀其师，当用天子之礼乐。”又疏言：“自明去十哲封爵，称冉子者凡三，未有辨别。宋周敦颐等六子改称先贤，位汉、唐诸儒之上，世次殊有未安，宜予釐定。”又疏言：“田何受易商瞿，有功圣学，宜增祀。郑康成注经百馀万言，史称纯儒，宜复祀。”又疏言：“明儒曹端、章懋、蔡清、吕柟、罗洪先，并宜从祀。绛州贡生辛全，生际明末，以正学为己任，著述甚富，乞敕进遗书。”又请修监藏经史旧版。疏并下部议，以笾豆、乐舞、名号、位次，俟会典颁发遵循；增祀明儒及徵进遗书，俟明史告成覈定；修补南北监经史版，如所请行。

二十三年，迁少詹事。命祭告南海，父忧归。二十九年，起原官，再迁兵部督捕侍郎。三十一年，调户部。命祭告西岳西镇江渎。三十七年，迁左都御史。会廷议省御史员额，士祯曰：“国初设御史六十，后减为四十，又减为二十四。天子耳目官，可增不可减。”卒从士祯议。

迁刑部尚书。故事，断狱下九卿平议。士祯官副都御史，争杨成狱得减等。官户部侍郎，争太平王训、聊城于相元、齐河房得亮狱皆得减等，而衡阳左道萧儒英，则又争而置之法。徐起龙为曹氏所诬，则释起龙而罪曹，案其所与私者，皆服罪。及长刑部，河南阎焕山、山西郭振羽、广西窦子章皆以救父杀人论重辟，士祯曰：“此当论其救父与否，不当以梃刃定轻重。”改缓决，入奏，报可。

士祯以诗受知圣祖，被眷遇甚隆。四十年，乞假迁墓，上命予假五月，事毕还朝。四十三年，坐王五、吴谦狱罢。王五故工部匠役，捐纳通判；谦太医院官，坐索债殴毙负债者。下刑部，拟王五流徙，谦免议，士祯谓轻重悬殊，改王五但夺官。复下三法司严鞫，王五及谦并论死，又发谦嘱讬刑部主事马世泰状，士祯以瞻徇夺官。四十九年，上眷念诸旧臣，诏复职。五十年，卒。

明季文敝，诸言诗者，习袁宗道兄弟，则失之俚俗；宗锺惺、谭友夏，则失之纤仄；斅陈子龙、李雯，轨辙正矣，则又失之肤廓。士祯姿禀既高，学问极博，与兄士禄、士祜并致力于诗，独以神韵为宗。取司空图所谓“味在酸咸外”、严羽所谓“羚羊挂角，无迹可寻”标示指趣，自号渔洋山人。主持风雅数十年。同时赵执信始与立异，言诗中当有人在。既没，或诋其才弱，然终不失为正宗也。